泛泛而談吧。
一是勘測，新建的水利工程（包括大壩、水閘、涵洞、倒虹吸、水電站、灌區(qū)等）一般情況下都是在自然環(huán)境非常惡劣的情況下，帶著鉆機(jī)去取芯的條件非常惡劣，勘測會存在很大的難度。
二個是經(jīng)驗公式問題，比如本人學(xué)的是結(jié)構(gòu)，從事的是水利，不同于建筑等設(shè)計已經(jīng)非常成熟的圖集和范式，水利工程設(shè)計中存在大量的經(jīng)驗公式。這就意味著，每個水利工程面對的環(huán)境不是定式，需要大量的試算、分析，以及，很多很多都是人的經(jīng)驗。
三是涉及的東西廣，專業(yè)多，舉個例子，一個大壩，從巖土到結(jié)構(gòu)，從占地到移民，從金屬結(jié)構(gòu)到電氣，從水保到環(huán)保等等等等，十幾個專業(yè)，而且各個專業(yè)下還細(xì)分的及其厲害，還是舉個例子，一個非常大的水利設(shè)計院，在電氣專業(yè)下還有電氣一期、二期，還有強(qiáng)電弱電，等等等等，這些不同專業(yè)很多時候甚至只是名字相似，都不互通的。
四是流程，水利工程一般是政府投資，從規(guī)劃、項目建議書、可行性研究報告、初步設(shè)計、施工圖設(shè)計沒個幾年準(zhǔn)備工作是下不來的。
五是地方影響大，水利和別的東西不一樣，存在很大的地方影響。比如就算在流域規(guī)劃和綜合規(guī)劃里有這個項目，但一旦實施，比如你要建一個水庫，水庫的上下游你總得征求意見吧，淹沒影響區(qū)多大，水資源怎么分配，泄洪怎么辦。比如要整治河道，河道兩岸你需要征求意見吧，粗俗的說，你家住在河這邊，你也不希望只加高對面河岸的堤防吧，更別說建設(shè)蓄滯洪區(qū)了，那牽扯的范圍就更大了。最重要的是，這些地方影響不是房建等只是涉及經(jīng)濟(jì)問題，很多是徹徹底底的民生問題，可想?yún)f(xié)調(diào)難度有多大。
六是施工問題，除去農(nóng)村飲水工程、灌區(qū)續(xù)建配套與節(jié)水改造、小農(nóng)水等等，水利工程一般情況下是大體積混凝土（碾壓混凝土重力壩），大土方量（土石壩），大型金屬結(jié)構(gòu)（弧形閘門）等等，突出了一個技術(shù)難度高啊。
說水利工程這些知乎大佬們就三峽，葛洲壩往上堆，那種級別起碼要和港珠澳大橋一個級別啊，好像水利除了大水庫大電站沒有別的似的。告訴你們農(nóng)田水利，灌溉渠道，小型水庫，都是水利工程。葛洲壩級別的能設(shè)計的全國不超過10家設(shè)計院，三峽沒有10個設(shè)計院玩不轉(zhuǎn)。但是大部分水利工作者還是從事著簡簡單單的普通水利工作，就是今天修個渠明天設(shè)計個閘門后天搞個樞紐，哪有那么高大上。還有人說什么沒標(biāo)準(zhǔn)圖，對三峽事沒有，但是全國就修了一個啊，我們那嘎達(dá)，水井都打了100多個，圖紙還不都一樣。
人家港珠澳就不考慮水文了嗎？，比你修三峽難度小嗎？
各行都有高大上，各行都有矮矬粗，水利也一樣。為什么大家普遍認(rèn)為水利難。
因為他不開放啊，缺乏市場競爭啊，還有一點就是和地質(zhì)一樣，課本和一堆經(jīng)驗公式得背啊。
另外看工程質(zhì)量，向來水利最讓人不恥，最好的是公路，其次是鐵路，然后房建，市政。最最后就是水利啦
作為一個水利工作從業(yè)者，目前算是水利信息技術(shù)的從業(yè)者吧，我簡單的回答一下。
第一，水利工程空間上的復(fù)雜性，它的建成要考慮天上的、地上的、水下（地下）的因素。天上的降雨要匯流入庫、要影響施工期的施工過程、要影響下閘蓄水、要影響安全度汛。地面上要解決工程施工占地、施工設(shè)施布置、施工期以后的復(fù)墾、施工各類材料是否適合施工、質(zhì)量控制是否過關(guān)等等一系列的問題。水下（地下）的那就是地下巖溶、建了工程后是不是能蓄得住水、非常復(fù)雜的地質(zhì)條件、水庫庫容過大的話，壩體的擋水穩(wěn)定性、要預(yù)防幾級地震等一系列問題。
第二、水利工程時間上的復(fù)雜性，它的建成要考慮全生命周期的話，包括規(guī)劃、設(shè)計、施工、運維、（也可以包括拆除），到從開始勘察到施工結(jié)束少則數(shù)年，多則幾十年，有的時候工程上馬受制于工程本身的技術(shù)問題，有的時候受制于資源稟賦，有的時候受制于宏觀政策，這么多年要做各個方面的論證問題，經(jīng)濟(jì)論證、安全論證、社會效益論證等。
第三，水利工程協(xié)同上的復(fù)雜性，它的建成，會涉及到很多方，政府、建設(shè)甲方、設(shè)計、多家施工單位、監(jiān)理等等，大家在一起工作，要按照必要的工作方式開展協(xié)同工作。
第四，不能算是復(fù)雜性了，應(yīng)該說是水利工程的建設(shè)也在用信息化技術(shù)進(jìn)行改造提升，有技術(shù)的提升、有管理的提升，也都在往國家要求的智慧水利的方向努力，但是目前也都是盲人摸象階段，所以也存在著一定的復(fù)雜性，結(jié)合復(fù)雜的水利工程開展的信息化建設(shè)具備一定的復(fù)雜性。
個人表達(dá)能力有限，不善于寫作，不善于總結(jié)，就個人從事水利工程設(shè)計工作十年以上的經(jīng)驗，說一點吧。這十年里邊，我有五年就干了一個工程，幾乎沒干別的，就這一個工程。另外，我家屬，工作十年，老實說，十年他總共就干了倆項目，第二個到現(xiàn)在未完。當(dāng)然，這只能說明水利工程的大，畢竟有些有人一輩子可能就干了一個三峽，不能說明水利工程復(fù)雜。我要說的一點其實是，這個世界上沒有任何一個水利工程一模一樣，或者具有80%的相似性。所有工民建，或者道橋或者其他工程都有標(biāo)準(zhǔn)圖集，而水利工程沒有一本標(biāo)準(zhǔn)圖集，每個工程都要個性化設(shè)計，這可能就是他的復(fù)雜所在吧。
來源：知乎、水利設(shè)計師茶樓